Zu den Gremien zählen Vorstand, Hauptausschuss und Mitgliederversammlung. Der Vorstand führt und vertritt den Verein. Der Hauptausschuss besteht aus dem Vorstand sowie den Sprechern der Arbeitskreise und Kommissionen. Er unterstützt den Vorstand in seiner Arbeit und wird zweimal jährlich einberufen. Einmal jährlich findet eine ordentliche Mitgliederversammlung statt. Der ZKI-Verein kann Kommissionen mit zeitlich begrenzten Aufgaben einsetzen. Sind die Aufgaben erledigt, wird die Kommission aufgelöst.

So setzt sich der Vorstand seit März 2012 zusammen:

• Ulrich Lang, (Vorsitzender) Prof. Dr.-Ing., Universität zu Köln
• Martin Wimmer, (stellvertretender Vorsitzender) Universität Regensburg
• Hartmut Hotzel, Bauhaus-Universität Weimar
• Torsten Prill, (Finanzen) Freie Universität Berlin
• Peter Leinen, Universität Mannheim
• Reiner Schmidt, Hochschule Ansbach

Dr. Markus von der Heyde unterstützt seit November 2011 die Arbeit als Beauftragter des Vorstands.