Zu den Gremien zählen Vorstand, Hauptausschuss und Mitgliederversammlung. Der Vorstand führt und vertritt den Verein. Der Hauptausschuss besteht aus dem Vorstand und den Leitern der Arbeitskreise. Er unterstützt den Vorstand in seiner Arbeit und wird zweimal jährlich einberufen. Einmal jährlich findet eine ordentliche Mitgliederversammlung statt. Der ZKI-Verein kann Kommissionen mit zeitlich begrenzten Aufgaben einsetzen. Sind die Aufgaben erledigt, wird die Kommission aufgelöst.

So setzt sich der Vorstand seit 2008 zusammen:

• Günter Springer, (Vorsitzender), Technische Universität Ilmenau
• Ulrich Lang, Prof. Dr.-Ing. (stellvertretender Vorsitzender), Universität zu Köln
• Kornelia Hartmann, Hochschule Magdeburg-Stendal (FH)
• Martin Wimmer, Universität Regensburg
• Horst Stenzel, Prof. Dr., Fachhochschule Köln
• Torsten Prill, Freie Universtät Berlin

Der Vorstand wird in seiner Arbeit durch eine Vorstandsassistenz unterstützt:

• Katharina Trippler, Technische Universität Ilmenau